近期有不少企業咨詢農產品加工企業加計扣除的賬務處理問題，稅務局也在落實享受加計扣除準確性的問題。農產品加計扣除離不開農產品抵扣憑證，要搞清楚加計扣除問題，要弄明白農產品抵扣憑證的類型及抵扣計算方法：

一、農產品抵扣憑證：1、農產品銷售發票：指農業生產者對外銷售自產農產品開具的免稅發票，抵扣時按照票面金額×9%扣除率；2、農產品收購發票：指農產品生產企業收購農民個人自產的農產品對其開具的免稅發票，抵扣時按照票面金額×9%扣除率；3、小規模納稅人開具的專用發票：小規模納稅人銷售農產品開具3%的增值稅專用發票，抵扣時按照票面金額×9%扣除率，票面金額指不含稅金額，注意此處不是按3%征收率抵扣，而是按9%扣除率抵扣；4、一般納稅人開具9%的專用發票：一般納稅人銷售農產品開具9%的增值稅專用發票，抵扣時按照票面稅額抵扣。5、海關進口增值稅繳款書：按照繳款書的稅額抵扣。
二、根據《財政部 稅務總局 海關總署公告2019年第39號》第二條規定：納稅人購進農產品，原適用10%扣除率的，扣除率調整為9%。納稅人購進用于生產或者委托加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額。我們先將農產品企業分為三種類型：第一類，農產品初加工企業；第二類，農產品深加工企業；第三類，農產品兼營初加工、深加工企業。第一類企業：2020年10月份購入取得農產品銷售發票100000元，直接以120000元的價格對外銷售，則計算抵扣與轉成本分錄如下：1、購入農產品時：借：庫存商品91000       應交稅費-應交增值稅-進項稅額9000    貸：銀行存款100000本期繳納增值稅：120000÷1.09×0.09-9000=908.26元。2、結轉產品成本時：借：營業成本91000    貸：庫存商品91000
第二類企業：2020年10月份購入取得農產品銷售發票100000元，生產加工后以120000元的價格對外銷售，則計算抵扣與轉成本分錄如下：1、購入農產品時：借：原材料90000       應交稅費-應交增值稅-進項稅額10000    貸：銀行存款100000本期繳納增值稅：120000÷1.13×0.13-10000=3805.31元。2、生產領用時：借：生產成本90000    貸：原材料900003、完工入庫時：借：庫存商品    貸：生產成本4、結轉產品成本時：借：營業成本    貸：庫存商品
第三類企業：2020年10月份購入取得農產品銷售發票100000元，其中有45000元直接以50000元的價格對外銷售，55000元深加工后以70000元的價格對外銷售，則計算抵扣與結轉成本分錄如下：1、購入農產品時：借：庫存商品40950       應交稅費-應交增值稅-進項稅額4050    貸：銀行存款45000借：原材料49500       應交稅費-應交增值稅-進項稅額5500    貸：銀行存款55000本期繳納增值稅：（50000÷1.09×0.09+70000÷1.13×0.13）-（4050+5500）=2631.54元。2、生產領用時：借：生產成本49500    貸：原材料495003、完工入庫時：借：庫存商品    貸：生產成本4、結轉產品成本時：借：營業成本-初加工40950    貸：庫存商品40950借：營業成本-深加工    貸：庫存商品
特別備注：企業既有初加工又有深加工的，農產品購入時應盡量分清用途，應該單獨設立原材料庫和庫存商品庫，分別核算直接銷售出入庫及深加工的出庫情況。如果企業在購入農產品時無法確定是用于初加工還是深加工的，則應該在生產領用環節進行加計扣除計算。由于原材料入賬時已經按照扣除率減去稅款，而計算1%加計扣除的基礎是農產品買價，在生產領用環節一定先將原材料還原為票面金額后，再計算加計扣除金額。仍以上述為例：購入100000元農產品時無法確定其具體用途，則1、購入農產品時：
借：原材料91000       應交稅費-應交增值稅-進項稅額9000    貸：銀行存款1000002、初加工結轉成本：借：營業成本40950    貸：原材料409503、實際生產領用時：借：生產成本49500       應交稅費-應交增值稅-進項稅額-550    貸：原材料9=50050本期繳納增值稅：（50000÷1.09×0.09+70000÷1.13×0.13）-（9000+550）=2631.54元，最終結果與上述相等。在此，可能有人對加計扣除的550元不清楚計算過程，在這你要記住一點，如果是在領用環節計算加計扣除，你所領用的原材料需要換算成購入時的金額，即沒有按照扣除率計算扣除進項稅的金額×1%計算加計扣除金額。如果你采購的農產品取得的是農產品銷售發票或者收購發票，生產領用原材料加計扣除金額=（領用的原材料金額÷0.91）×1%。如果你采購的農產品取得的是小規模納稅人開具3%的增值稅專用發票，生產領用原材料加計扣除金額=（領用的原材料÷0.94）×1%。如果你采購的農產品取得的是一般納稅人開具9%的增值稅專用發票或海關進口增值稅繳款書，生產領用原材料加計扣除金額=領用的原材料×1%。
計算公式的比例會因稅率、扣除率、征收率的變化而變化，其計算原理也比較簡單，通過提取公因式就可以簡化為上述公式，在此不做說明。
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