海淀區食品經營許可證的辦理流程如下：

準備申請材料：需要準備的材料包括《食品經營許可證申請表》、法人或負責人身份證明、經營場所租賃證明、商標注冊證明（如擁有）、食品安全管理人員證書、食品經營許可證原件和復印件等。每份材料都需要嚴格按照要求準備，確保申請能夠順利通過。

提交申請：將所需材料提交給海淀區食品藥品監督管理局窗口進行申請。

審核審批：海淀區食品藥品監督管理局將對提交的申請進行審核。

繳費核發：審核通過后，繳納相關辦理費用，并領取食品經營許可證。

在辦理過程中，可能會遇到以下疑難問題：

申請材料不齊全或不符合要求：在這種情況下，需要按照要求重新準備材料，確保所有材料都符合規定。

申請被駁回：如果申請被駁回，需要了解駁回的原因，并進行整改。整改完成后，可以重新提交申請。

審核時間過長：如果審核時間過長，可以聯系海淀區食品藥品監督管理局窗口咨詢相關進展情況。

許可證頒發后未及時領取：如果因為某些原因未及時領取食品經營許可證，需要重新提交申請并等待審核。

許可證使用問題：如果在許可證使用過程中遇到問題，可以聯系相關部門或機構尋求幫助。

以上信息僅供參考，具體流程和所需材料可能因地區和政策的不同而有所差異。建議在辦理前咨詢當地食品藥品監督管理局或相關機構的工作人員，以獲取準確且新的信息。