與其他管理體系一樣，ISO39001具有管理體系認證的基本一致的流程，企業申請時不需要特別記錄。流程一般包括：提交認證申請、簽訂合同和交預付款；初次審核（第一階段審核/文件審查，第二階段審核/現場審核）；認證決定；結算費用，注冊發證；按規定每年進行監督審核；證書期滿后的再認證等環節。