三類醫療器械NMPA注冊的辦理流程如下：

準備申請材料，包括《醫療器械經營企業許可申請表》、資格證明、營業執照或企業名稱預先核準證明文件復印件、質量管理人的資格證明、售后服務人員的資格證明等。

向所在地設區的市級人民政府食品藥品監督管理部門提交申請，并提交上述材料。

工作人員受理資料，并于30個工作日內進行審查，必要時組織核查。

對符合規定條件的，準予許可并發給醫療器械經營許可證；對不符合規定條件的，不予許可并書面說明理由。

需要注意的是，辦理三類醫療器械NMPA注冊的具體流程可能因地區和政策的不同而有所差異，建議在辦理前先咨詢相關部門或機構，了解具體的申請流程和要求。