一類外泌體中常見的細胞質蛋白是Rabs蛋白，是鳥苷酸三磷酸酶(GTPases,)家族的一種。
它可以調節外泌體膜與受體細胞的融合，有文獻報道稱RAB4, RAB5和 RAB11主要出現于早期以及回收的核內體中，RAB7 和 RAB9主要出現于晚期的核內體。
現有大量的研究發現外泌體中含有40種RAB蛋白。
除了RAB蛋白，外泌體中富含具有外泌體膜交換以及融合作用的膜聯蛋白（包括膜聯蛋白1、2、4、5、6、7、11等）。
外泌體膜上富含參與外泌體運輸的四跨膜蛋白家族（CD63, CD81 和CD9)）、

熱休克蛋白家族（(HSP60, HSP70, HSPA5, CCT2 和HSP90以及一些細胞特的蛋白包括A33（結腸上皮細胞來源）、MHC-Ⅱ(抗原提呈細胞來源)、CD86(抗原提呈細胞來源)以及乳凝集素（不成熟的樹突狀細胞）。
其它一些外泌體中的蛋白包括多種的代謝類的酶（GAPDH, 烯醇化酶 1, 醛縮酶 1, PKM2, PGK1, PDIA3, GSTP1,DPP4, AHCY, TPL1, 抗氧化蛋白, P4HB, LDH, 親環素 A,FASN, MDH1 和CNP）、核糖體蛋白（RPS3）、信號轉導因子（黑色素瘤分化相關因子, ARF1, CD2, 人類紅細胞膜整合蛋白, SLC9A3R1）、粘附因子（MFGE8、整合素）、細胞骨架蛋白以及泛素等。

一是超速離心法，這是外泌體提取最常用的方法 。
此種方法得到的外泌體量多，純度不足，電鏡鑒定時發現外泌體聚集成塊， 由于微泡和外泌體沒有非常統一的鑒定標準，也有一些研究認為此種 方法得到的是微泡不是外泌體 。

三是密度梯度離心法， 用此種方法分離到 的外泌體純度 高，前期準備工作繁雜，耗時，量少。

五是PS親和法，該方法將PS（磷脂酰絲氨酸）與磁珠結合，利用親和原理捕獲外泌體囊泡外的PS。
該方法與免疫磁珠法相似，獲得的外泌體形態完整，純度。
由于不使用變性劑，不影響外泌體的生物活性，外泌體可用于細胞共培養和體內注射。
2016.9 《Scientific Reports》 雜志發表了該方法數據，表明PS法可提取相當高純度的外泌體。