1.企業應對照“高新技術企業認定管理辦法”和“高新技術企業認定管理工作指引”進行自我評價，認為符合條件的，開始著手申報。

2.登錄“高新技術企業認定管理工作網”→“企業申報”進行注冊登記（已注冊的無需重復注冊）或登錄“福建省網上辦事大廳”→定位“廈門市”→搜索輸入“高新技術企業認定”→“立即辦理”→“訪問第三方網站”登錄“高新技術企業認定管理工作網”，按要求填報《高新技術企業認定申請書》，并上傳相關證明材料。

3.企業按照“廈門市果家級高企認定/重新認定申報材料清單”準備申報材料。市高企認定辦（市科技局）向市高新協會購買服務，由其承擔申報材料的輔導咨詢和紙質申報材料受理等工作。

4.按照不同的技術領域，市高企認定辦從專家庫中抽取4名行業技術專家和1名財務專家組成認定專家組對申報企業進行評審。

5.高企認定辦將專家意見匯總整理，專家評審合格的企業，認定辦成員單位將組織進行聯合審查、實地核查，符合條件的企業擬上網公示。

6.擬認定的果家級高新技術企業，在國家“高新技術企業認定管理工作網”上公示10個工作日。

7.公示期有異議的申報企業，由市高企認定辦組織專家組、成員單位開展調查核實，如核實企業不符合高企認定條件，將不予上報國家備案。

8. 公示期滿后，報全國高新技術企業認定管理辦公室備案，待國家高企認定管理辦公室批復后，由市高企認定辦三家成員單位市科技局、市財政局、市稅務局聯合頒發認定文件、高新技術企業證書。