非生物生態指標：

　　―海水大腸菌群、糞大腸菌群、鹽度、溶解氧、懸浮物、pH、活性磷酸鹽、活性硅酸鹽、硝酸鹽氮、亞硝酸鹽氮、氨氮、總磷、總氮、無機磷、生化需氧量、化學需氧量、非離子態氨、油類、葉綠素a、總汞、鎘、鉛、砷、鋅、硒、銅、鎳、總鉻、六價鉻、氰化物、硫化物、氯化物、揮發性酚、陰離子洗滌劑、油類、多氯聯苯、六六六、滴滴涕、狄氏劑等；

　　―海洋沉積物質量總汞、鎘、鉛、鋅、銅、鉻、砷、有機碳、硫化物、油類、粒度、含水率、氧化還原電位、總磷、總氮、六六六、滴滴涕、狄氏劑、多氯聯苯等；

　　―海洋氣象觀測風速、風向、氣溫、氣壓、濕度、海況、天氣現象等；

　　―海洋水文觀測水質、水色、透明度、色臭味監測、水深測量、水溫觀測、鹽度測量、海流觀測、海浪觀測、水位觀測、海水透明度觀測、水色觀測等。

　　●生物生態指標：

　　―浮游生物浮游植物的種類組成、數量分布、密度、優勢種及多樣性指數；浮游動物的生物量、種類組成、密度、數量分布、總生物量（濕重）、優勢種及多樣性指數。

　　―大型底棲生物大型底棲生物種類組成、棲息密度、生物量、優勢種及多樣性指數。

　　―淺海底棲生物淺海底棲生物種類組成、棲息密度、生物量、優勢種及多樣性指數。

　　―潮間帶生物高中低潮間帶底棲生物的種類組成、密度、生物量、優勢種、各潮區分布及多樣性指數。

　　―微生物細菌總數、異養細菌總數、總大腸菌群數量、糞大腸菌群數量、弧菌數量

　　―初級生產力葉綠素a及初級生產力。

　　―漁業資源（魚卵與仔稚魚）魚卵仔稚魚的種類組成、密度、數量分布。

　　―游泳動物游泳動物的種類組成、資源密度；魚類、蝦類、蟹類、頭足類等各門類的種類組成和資源密度；游泳動物相對重要性指數、優勢種及多樣性指數；主要經濟種類生物學特性、幼體比例等。

　　―海洋生物質量海洋生物體內重金屬（鉛、鎘、鋅、總汞、銅、鉻、砷、硒）、石油烴、農藥殘留（六六六、滴滴涕、狄氏劑）、多氯聯苯、麻痹性貝類毒素等。

　　●入海排污口監測指標：

　　入海排污口監測指標包括流量指標和污水中的污染物（或污染指標）瞬時濃度，應記錄色嗅味等感觀描述、拍攝記錄監測排污口的環境狀況。

　　―城鎮生活污水排口/工業排口/農業農村排口/河渠、雨洪及其他類型排口流量、pH、鹽度、COD、氨氮、總氮、總磷、BOD5、TOC、懸浮物、油類、重金屬、氰化物、揮發酚、硫化物、多環芳烴、多氯聯苯、揮發性有機物、揮發性鹵代烴、糞大腸菌群、污水生物毒性（發光細菌法）、重金屬（Hg、Cr、Cr(VI)、Cu、Pb、Zn、Cd和Ni等）。