真核生物rDNA基因編碼核糖體RNA(rRNA),rDNA基因由轉錄區和非轉錄區組成,轉錄區包括5S、5.8S、18S和28S rDNA,分別編碼5S、5.8S、18S和28S rRNA,在轉錄區的各rDNA之間還存在一段內轉錄間隔區ITS。
ITS(internal transcribed space)序列是真核生物rDNA基因的內轉錄區域,存在于18S和5.8S rDNA以及5.8S和28S rDNA之間。其長度和序列在不同種屬之間具有一定的多態性,是一段既保守又具有特異性的序列。ITS序列能實質的反映出不同種屬以及種內各個體間的堿基對差異,利用ITS的序列信息開發遺傳標記已被廣泛應用于真菌屬內不同種間或近似屬間的系統發育研究。
18S rDNA基因編碼真核生物核糖體小亞基rRNA,是一段進化緩慢而相對保守的序列,在結構上分為保守區和可變區,保守區和可變區分別反映了不同個體間的親緣關系以及差異性。根據18S rDNA序列開發特異性標記可用于不同種屬間親緣關系分析、物種分類鑒定以及真核微生物的群落結構研究等,是系統發育中種級以上階元的良好分子標記。
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