制藥無塵車間廠房的設計與施工應根據工藝流程和生產要求對整個車間進行分區，區域劃分應保證合理、緊湊、避免人員、物流混雜。按工藝流程順向布置，減少生產流程的迂回、往返；空氣凈化設備凈化原理:氣流→初效空氣處理→空調→中效空氣處理→風機送風→凈化管道→高效送風口→潔凈室→帶走塵埃→回風夾道→新風、初效空氣處理。空氣潔凈高度的房間或區域宜布置在人員少到達的地方，并宜靠近空調機房；不同潔凈級別的房間或區域宜按空氣潔凈度的高低由里及外布置；潔凈度相同的房間或區域的布置則宜相對集中；潔凈度不同的房間之間相互聯系時，要防止交叉污染的措施，如氣閘室、空氣吹淋室、緩沖間或傳遞窗等。

    和工業無塵車間相比，制藥無塵車間廠房的空調系統需要有消毒滅菌的設備，一般通過在AHU(組合式空調箱)中增加臭氧發生器、甲醛熏蒸設備的一種或多種來實現。防靜電要求和滅菌要求的差異影響到庫板的選型，工業無塵車間的庫板需要選擇防靜電的庫板，制藥車間沒有此方面的要求，由于腐蝕性，制藥車間的庫板要選擇質量過硬的彩鋼板。制藥無塵車間廠房的純水都是用反滲透原理制備，設備相似，水質相似，都屬于過渡水，制藥車間因為需要熱消毒，在RO膜之后要使用不銹鋼材質，要求嚴格的制藥無塵車間一般從原水就開始使用不銹鋼材質。

    制藥無塵車間廠房對溫度、濕度等有嚴格要求，對空調系統的設計、選型、安裝等方面提出了更高的要求，科學合理的布置空調系統，不但可以大幅度提高制藥的效率，還能為制藥提供一個無菌、安全、綠色的環境。