如果辦理亦莊食品經營許可證時遇到面積不夠免核查的疑難問題，可以嘗試以下處理方法：

了解相關規定和政策：需要了解當地食品經營許可證辦理時對于面積的要求和相關規定。可以查閱當地政府或相關部門發布的官方文件或政策法規，了解具體的規定和標準。

咨詢機構或相關部門：如果對相關規定和政策不夠了解或有疑問，可以咨詢當地食品藥品監管部門或相關機構。他們可以提供具體的指導和建議，幫助你了解辦理食品經營許可證所需的條件和要求。

準備充分材料：在辦理食品經營許可證時，需要提交一系列的材料，包括申請書、營業執照、身份證明、經營場所證明等。如果面積不夠，需要提供合理的解釋和證明材料。例如，可以提供租賃合同、房產證明等證明材料，證明你正在使用的經營場所的面積確實不夠。

說明情況并提供解決方案：在提交申請時，可以附上一份情況說明，詳細解釋經營場所面積不夠的原因，并提供可能的解決方案。例如，可以說明正在尋找合適的更大經營場所，或者提供一份改造或擴建計劃，表明未來將滿足相關面積要求。

積極溝通并協商：如果遇到疑難問題，可以積極與相關部門或機構進行溝通和協商。說明你的具體情況和困難，尋求他們的幫助和支持，共同尋找合適的解決方案。

辦理亦莊食品經營許可證時如果遇到面積不夠免核查的疑難問題，需要了解相關規定和政策，準備充分材料，說明情況并提供解決方案，積極溝通并協商。通過這些方法，可能能夠解決疑難問題并成功辦理食品經營許可證。