ISO9001管理體系認證分為初次認證、年度監督審核和復評認證等，具體流程如下：

一、初次認證

1、企業將填寫好的《認證申請表》連同認證要求中有關材料報給公司。收到申請認證材料后，會進行合同評審，符合要求后簽訂認證合同。

2、認證機構根據合同評審結果，按規范要求組成現場審核組；

3、審核組長在現場審核前將審核組組成和審核計劃正式發給企業確認。現場審核分一二階段進行，除非非常簡單的產品和過程，如純銷售公司等，一階段可以非現場審核，一般都要進行兩個階段的現場審核。按照現行法規規定，審核計劃需提前報國家認監委。

4、現場審核組依據標準、組織適用的法律法規和其它要求、組織的手冊、程序等體系文件，對受審核組織貫徹執行標準的情況的情況審核取證。其中第.一階段審核的目的是了解組織管理體系的策劃、建立和運行情況，初步確定審核范圍，評價是否具備實施二階段審核的條件；驗證管理體系是否符合認證標準并有效運行,以決定推薦認證注冊等。一二階段具體的審核具體工作安排，即審核計劃，是依據上述的審核目的確定。審核人日數是根據的規模的確定，ISO及國家認監委均有相應的人日數規定，現場審核的人日數必須符合要求，審核方為有效。

5、審核組根據企業申請材料、現場審核所收集到的審核證據，對照審核依據，得出審核發現，并對所有審核發現對照分析得出審核撰寫審核報告

6、對于現場審核中發現的不符合，企業應在規定的時間內進行原因分析，并采取糾正措施。對于糾正措施經審核組驗證合格后，連同現場審核記錄，審核報告等資料一并提交提交認證機構技術委員會審查。

7、認證機構收到技術委員會審查意見后，匯總審查意見，報認證機構總經理批準發證。

8、認證組織按合同規定交納認證費用。

9、認證機構向認證合格企業頒體系認證書，在相關網站進行公告，并上報國家認監委網站。

10、獲證企業如有特殊印制要求，應向認證機構提出申請并備案。

11、現場審核嚴重不滿足要求，審核組可以得出不予推薦認證注冊、暫緩推薦認證注冊等也可以中途停止審核，作撤場處理。

二、年度監督審核

年度監督審核每年一次，兩次監督審核時間之間多不得超過12個月。

1、認證機構根據企業認證證書發放時間，制訂年檢計劃，提前向企業下發年檢通知。

2、企業按合同要求繳納年度監督管理費；

3、認證機構組成審核組；

4、審核組長在現場審核前將審核組組成和審核計劃正式發給企業確認；

5、審核組按計劃進行現場審核工作。

6、審核組根據現場審核所收集到的審核證據，對照審核依據，得出審核發現，并對所有審核發現對照分析得出審核撰寫審核報告

7、對于現場審核中發現的不符合，企業應在規定的時間內進行原因分析，并采取糾正措施。對于糾正措施經審核組驗證合格后，連同現場審核記錄，審核報告等資料一并提交提交認證機構技術委員會審查。

8、審核合格，認證機構，如北京世標認證中心，繼續保持認證注冊資格，發給監督審核結果通知書等

9、現場審核嚴重不滿足要求時，可以撤消、暫停認證組織的認證注冊資格。

三、再認證

證書3年到期的企業，應重新填寫《認證申請書》，如與認證中心簽訂再認證合同，進行再認證審核。除審核不分一二階段外，其它認證程序同初次認證。