二類醫療器械歐盟CE認證的辦理流程如下：

確定產品分類：需要確定您的醫療器械是否屬于歐洲聯盟的二類醫療器械。產品的分類將影響后續的流程和要求。

建立質量管理體系：需要創建符合ISO 13485或類似標準的質量管理體系，以確保產品的制造和質量控制符合要求。質量管理體系是CE認證的重要組成部分。

準備技術文件：需要準備詳盡的技術文件，包括產品規格、性能數據、制造工藝、材料信息、使用說明書、風險分析等。這些文件將用于支持CE認證申請。

申請CE證書：完成上述步驟后，可以向歐盟相關的認證機構提交CE認證申請。

對于醫療器械經營許可證的辦理流程，需要前往當地食品藥品監督管理部門進行咨詢，了解具體的申請流程和要求。在申請時，需要提交以下材料：

《企業名稱預先核準通知書》，該證一般在工商局進行辦理。

在食品藥品監督局網站上提交網上申請材料，申請材料通過審核后，向有關部門預約查看經營場地。

申請《醫療器械經營企業許可證》，該證件的申請一般需要提供書面申請。 辦理該證件的時間一般在40-50個工作日左右。

上述證件辦理完畢后，就可以申請營業執照了，目前營業執照都是三證合一的。