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目前，糖基化氨基酸位點鑒定主要利用生物質譜技術結合蛋白酶以及專一性糖苷內切酶的作用。一般先對糖基化位點進行特異的質量標記，使之與未修飾的蛋白質質量之間有一個特定的差異，通過質譜分析檢測差異，進而通過串聯質譜鑒定是在哪個氨基酸殘基上發生了糖基化。

N-聚糖蛋白的鑒定Z_U_I常用的方法是N-糖苷酶F（PNGase F）酶解法。N-糖苷酶F作為脫氨基酶，可以將原先糖基化的天冬酰胺脫氨基后轉變為天冬氨酸，造成相對分子質量增加1，再通過質譜比較含有天冬氨酸的肽與含有非糖基化天冬酰胺的肽的相對分子質量，即可獲得發生N-糖基化的氨基酸位點。N糖基化位點鑒定的步驟主要包括N-糖苷酶F酶消化、聚糖分離釋放、LC分離糖肽和質譜分析。

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